ADN basura: restos de una lucha antievolucionista

Por segunda vez, el US National Human Genome Research Institute  ha vuelto a mentirnos a todo el mundo en nombre de la Ciencia. Primero fue con el proyecto Genoma Humano. En el año 2000 se anunció con bombo y platillo que ya teníamos la secuencia completa del genoma humano. Eso iba a cambiarnos la vida, sobre todo en lo relacionado con nuestra salud. Doce años después, ni tan siquiera podemos saber el número de genes que tenemos. Pero eso ¿a quién importa? El mismo instituto creaba un par de años más tarde el proyecto Enciclopedia de los Elementos del ADN (ENCODE) (tras cuarenta y dos años como docente e investigador en Genética nunca oí ni leí en ningún tratado qué eran los "elementos" del ADN).

Personalmente creo que los elementos que ENCODE iba a estudiar no era otra cosa sino buscar los datos experimentales que demostrasen que el ADN basura no existe, no si el ADN basura existía o no.

Según la cultura predominante occidental, el Universo, la Tierra y nosotros habíamos sido creados por un ente supremo y, como consecuencia, éramos superiores al resto de la creación. Los creyentes acérrimos tuvieron que tragarse algunas buenas píldoras que contradecían sus creencias y aceptar, aún con una resistencia numantina, que lo que les habían enseñado como verdad absoluta no era más que interpretación de unos grupos humanos primitivos e incultos.

Primero tuvieron que aceptar que la Tierra no era el centro del Universo sino un pequeño planeta más orbitando una estrella del montón perdida entre las miles de millones que forman nuestra galaxia, a su vez una más de las miles de millones de galaxias que viajan por nuestro universo, ¿a su vez uno más...? A regañadientes, y hay quien aún no lo acepta, aceptaron que el hombre no era el centro de la creación sino un producto más de la evolución de todos los seres vivos. Pero que ahora tengan que tragar que la herencia biológica que nos transmitieron nuestros padres y que nosotros dejaremos a nuestros hijos, que el libro de instrucciones de cómo hacer un ser humano es en más de un 98% pura basura... eso no!, eso es ya demasiado!

¿Qué es eso de la basura en el ADN? Muy sencillo. A mediado del pasado siglo se descubrió que el ADN era la molécula que llevaba las instrucciones para hacer un nuevo ser vivo, era la base de la herencia biológica que transmitíamos a nuestros hijos. La creencia de que éramos superiores al resto de los seres vivos nos indujo a pensar que debíamos tener más ADN y estar hechos por más genes que ningún otro ser vivo.

El proyecto Genoma Humano nos enseñó que nuestra herencia estaba formada por 3.200 millones de letras; estas letras son A, T, G y C, las iniciales de las bases que forman el ADN. Pronto supimos que algunos seres primitivos formados por una sola célula, como las amebas, tienen más de 200 veces más ADN que nosotros o que las vulgares salamandras tienen 40 veces más ADN que el que tenemos en nuestras células. Impensable pero explicable. Como lo importante son los genes que hay en el ADN, no su tamaño, deberíamos tener, a pesar de esto, más genes que ningún otro habitante de la Tierra. La estimación inicial fue de unos 100.000 genes.

El número de nuestros genes fue rebajado, tan pronto como en los años 60 del pasado siglo, a unos 30.000, cosa que casi nadie aceptó porque era lo que se estimaba para el resto de los vertebrados y porque se deducía de conceptos muy teóricos no fácilmente comprensibles.

El análisis del genoma humano aclamado y ensalzado en 2000 dio ese número como el más acertado. Los análisis posteriores han ido cambiando gradualmente ese número a 25.000?, 23.000?, 20.687 genes? Parece imposible que tal despropósito, por llamarle de forma suave, siga con la misma incertidumbre después de doce años de concluido el genoma humano. Es como si el proyecto de poner un hombre en la Luna, que costó una cantidad muy parecida, hubiese concluido sin que nadie hubiese ido a la Luna y aquí no ha pasado nada.

Si suponemos que tenemos 23.000 genes, como los genes tienen de media unas 1.500 letras o bases, significa que de los 3.200 millones de letras sólo el 1% corresponde a los genes. Si suponemos que la regulación ocupa el mismo tamaño, ¿qué hay en el resto del genoma, en ese 98% del ADN? Ya se sabía hace muchos años que la inmensa mayoría de nuestro genoma estaba formada por secuencias repetidas miles o millones de veces, sin que tuvieran el menor sentido, sólo explicables por la multiplicación de secuencias originadas por infecciones víricas y de transposones que han ido entrando en los genomas de nuestros antepasados desde hace unos quinientos millones de años y que han dado lugar a unos tamaños a veces desorbitados de los genomas de la inmensa mayoría de los eucariontes sin causarles problemas. Este ADN, que parece no tener ninguna función en la construcción y funcionamiento de nuestro organismo, es lo que se conoce desde hace medio siglo como el ADN basura.

¿Basura, restos evolutivos, ADN egoísta? Cualquiera de estas expresiones eran inaceptables para muchos, sobre todo para los que no podían explicar que su diseñador inteligente hubiese creado una herencia llena de basura.

6 de septiembre de 2012, tras nueve años de proyecto y 288 millones de dólares, ENCODE publica 30 artículos en una serie de revistas científicas, entre ellas las dos más prestigiosas del mundo científico, Nature y Science, en los que daba sus resultados y sus interpretaciones. A la vez convoca a los medios de comunicación de todo el mundo (es decir, norteamericanos) para contarles con el mayor bombo y platillo, y que ellos contaran al mundo, sus grandes descubrimientos.

De forma muy resumida, sus conclusiones son que el 80% del genoma humano tiene función bioquímica, que este 80% está fundamentalmente dedicado a la regulación de los genes que están en el 1% más arriba mencionado, que encuentran muchos más genes de los que se decían (sin especificar) y que, como conclusión final, el ADN basura había muerto, había desaparecido porque que "todo" el ADN era funcional, y lo que faltaba por encontrar hasta el 100% ya lo encontrarían más adelante.

Periódicos, radios y telediarios, como no podía ser de otra manera, sacaron la noticia en las primeras páginas de aquel día. A algunos de los expertos que participaron en la exhibición se les calentó la boca y causaron que algunos titulares de aquel día fueran tan lastimosos como: "la basura del ADN se convierte en el acceso a nuestra salud" (Bloomberg); "según los investigadores, el ADN basura tiene un papel principal en la enfermedad" (USA Today); "El ADN 'basura' tiene un papel crucial en la salud y en la enfermedad" (Natural News); " El ADN basura es esencial para el funcionamiento del genoma humano" (Expansión); "Los científicos descubren los secretos ocultos del ADN" (El País); "La basura genómica ya es medicina" (El País digital).

Las críticas no tardaron en aparecer a lo largo y ancho de Internet. El mismo día y posteriores, salieron las críticas a los datos y sus interpretaciones, a la forma como se publicaron los resultados, a las conclusiones engañosas que aparecieron en muchos medios, y, por supuesto, las opiniones de los defensores del proyecto y de sus conclusiones.

Pocos días después la polémica era tan acalorada que todo el mundo culpaba a alguien de lo sucedido, sobre todo de los engaños y falacias aparecidos en muchos medios y, fundamentalmente, en Internet.

Entre las críticas más representativas, y con las que estoy totalmente de acuerdo, destacan:

1. No explican lo que quieren decir con que el 80% tiene "función". En los artículos no se refieren a ninguna función, sólo lo describen como la unión de alguna proteína al ADN o su transcripción a ARN.

2. Si el 80% está regulando a los genes se deduce que un gen es una secuencia de unas 1.500 letras reguladas por más de un millón de letras. Está claro que nadie se lo cree.

3. Si las secuencias repetidas, como las Alu, tienen un promotor, y hay 1.200.000 Alu, ¿por qué no encuentran, al menos, estos promotores de los que no hablan? y ¿a qué promotores se refieren cuando dicen que tenemos muchos más genes que aún no conocemos?

4. Que el ADN se transcriba en ARN no implica nada. Una secuencia transcrita no implica que tenga una función biológica. Por el contrario, hay secuencias que no se transcriben y cumplen una función (inicios de replicación, centrómeros, telómeros, secuencias organizadoras de los cromosomas, etc).

5. Las secuencias del ADN no codificante están poco conservadas en la evolución según los genomas estudiados, lo que indica que no están sujetas a selección, ¿no quiere decir esto que no son funcionales?

6. Si la mayor parte de las regiones no codificantes son funcionales y regulan a los genes, ¿por qué no se han detectado en las búsquedas sistemáticas de alteraciones genéticas?

7. ¿Por qué hay organismos que con los mismos genes tienen muchísimo menos o muchísimo más ADN? ¿dónde están en los primeros esas secuencias reguladoras? ¿no tienen ADN basura los segundos? Véase el "test de la cebolla":

Después de leer varios de los artículos me encuentro con una información de la que nadie habla. Les copio lo que está escrito en la última página del artículo principal; Nature 489: 57-74

"Nuestra estimación más conservadora de los elementos funcionales (el 8,5% de regiones de unión DNA/proteína) y asumiendo que hemos muestreado solamente la mitad de los elementos de los factores de transcripción, se podría estimar un mínimo del 20% del genoma que es funcional (17% de sitios de unión de proteínas y 2,9% de los exones que codifican a las proteínas), con el valor probable significativamente más alto"

Aqui dice que las secuencias con función suponen el 8,5% y por magia se inventa que debería ser el 20% o más alto, pero en el resumen de ese mismo artículo no menciona el 8,5% ni el 20% sino el 80% que es el único valor que transmiten a la prensa.

En medio de esta especie de orgía informativa, de miles de blogs explicando, defendiendo o criticando algún nudo de esta maraña de información, me encuentro con el blog de los blogs, con la opinión del gran responsable de la aceptación de la publicación en la revista Nature, o uno de los grandes responsables, Brendan Maher, un destacado editor de Nature, que relata algunas conversaciones con el gran jefe responsable de la investigación y de su publicación, Ewan Birney:

"En el artículo principal publicado en Nature los autores aseguran que han asignado funciones al 80% del genoma. He tenido una larga y profunda discusión sobre este número con Ewan Birney y lo que realmente significa, y estaba claro que él estuvo en contra de ponerlo en el resumen del artículo. Es un número demasiado elevado. Birney me ha dicho, y reitera en su blog, que usaron una interpretación muy poco cuidadosa del término "funcional".

El artículo rebusca mucho en sus datos para decidir cuales era los elementos funcionales. Si se excluyen todos los elementos excepto aquellos en los que son muy probables que se unan una proteína reguladora, vemos una ocupación acumulativa del 8% del genoma. Añade a esto el 1% de las secuencias que codifican a las proteínas y tienes el 9% funcional."

"El 80% puede que no sea real, pero les daba un buen titular a los medios de comunicación"

"Este es el núcleo de la crítica contra los investigadores de ENCODE y contra las revistas que publicaron sus artículos. Lanzando este rumor de un número tan elevado, la prensa sacaba la persuasiva idea de que ENCODE había eliminado la largamente aceptada idea de que la mayor parte del genoma era basura".

¿Es que un editor de una revista como Nature puede decir que las conclusiones e interpretaciones de los artículos son falsos pero se han publicado con el mayor entusiasmo y proselitismo posibles porque daban un buen titular a la prensa,  Y NO PASA NADA?

Estos días pienso que a lo largo de tantos años de carrera como científico me han tomado el pelo de forma insolente y yo, gilipolla de mí, creyéndome que las grandes instituciones públicas internacionales hacían Ciencia de primerísima clase y que las grandes revistas científicas sólo publicaban los grandes avances en el conocimiento siendo extraordinariamente críticos y escépticos con los manuscritos que recibían.

¡Y una mierda!

Aquí ha prevalecido el componente económico y, me atrevo a asegurar, el ideológico. La propia iglesia anglicana que tan duramente condenó las teorías darwinianas, ha pedido perdón a Darwin en el 200 cumpleaños de su nacimiento. Pero los actuales creacionistas norteamericanos no están por la labor de dejar escapar un buen argumento contra la evolución. Que el ADN basura no existe es su mejor argumento contra la evolución (como muestra ver esta entrada).

Habéis patinado todos. Ni Birney ni ENCODE ni nadie ha eliminado al ADN basura. Quizás no sea el 98% de nuestro genoma, pero parece claro que puede no ser menor del 91%. Es decir, la idea de que la mayor parte de nuestro genoma es basura evolutiva, restos de nuestros antepasados que como no ha sido negativa para la reproducción de sus poseedores, la Selección Natural no la ha limpiado, sigue siendo exactamente igual de válida mientras no se demuestre lo contrario.

Esta basura seguirá siendo transmitida a nuestros descendientes por mucho que les pese a algunos, y dará igual que se encuentren nuevas secuencias con funcionalidad genética, el legado evolutivo que tenemos en nuestro ADN no lo podrá borrar nadie por mucho que lo intenten.

Quiero concluir con unas frases bastante duras, pero acertadas, de Laurence A. Moran, director del Dpto. de Bioquímica de la Universidad de Toronto (ver artículo completo aquí):

"Algo muy serio ocurre cuando los editores de las dos revistas científicas líderes apoyan abiertamente un cambio radical de nuestro concepto del genoma humano basado íntegramente en una interpretación incorrecta de los resultados. Incluso cuando esta falsa interpretación está promovida por los autores, no hay razón alguna para que destacados editores científicos dejen de ser escépticos."

"Es el momento para que Nature y Science se pregunten cómo ha podido ocurrir esta propaganda y cómo van a evitarlo en el futuro. Ambas revistas deberían preguntarse si retractarse y eliminar los artículos que ellos mismo escribieron sobre la muerte del ADN basura".

Y en este otro comentario dice:

"Desafortunadamente es otro caso de un científico actuando irresponsablemente distorsionando el significado de sus datos. El público ahora cree que la idea del ADN basura ha sido rechazada por los científicos y que nuestro genoma realmente está lleno de magníficos y sofisticados elementos de control regulando la expresión de cada gen. Va a costar un enorme esfuerzo deshacer el daño causado por científicos como Ewan Birney".

Estoy en completo acuerdo con Laurence A. Moran, va a costar un enorme esfuerzo deshacer el daño causado.

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